民國42年（1953），正值時局動盪， 印順導師深感培育佛教人材的重要，說：「為今之際，唯從培育人材著手，其餘熱烘烘都不過粉飾門面，無裨實際耳。」遂克服種種難關，乃將在香港擬建的福嚴精舍，移建到臺灣。並在現址（俗名觀音坪），購一甲多的山坡地，開工興建福嚴精舍。6月從香港運回玉佛一尊及《大正新修大藏經》一套。9月竣工，舉行落成開光典禮。
期間經歷了數十年風吹雨打、蟲蛀螘蝕，所有開山時建的房屋，皆已損壞，不堪使用。有感於此，常覺法師添建講堂及學僧宿舍。然於後仍不敷使用，遂由真華法師於民國75年起動工，在財力、物力窘困的情況下，歷經五年完成了福嚴精舍重建工程。
- 民國42年（1953）
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9月創建「福嚴精舍」
印順導師來臺安住以後，即在新竹創建「福嚴精舍」，精舍肇建之初，就有許多中國法師追隨導師研習佛學義理，其間造就了不少教界棟樑，弘法於海內外。如演培、續明、印海、常覺、仁俊、妙峰、幻生、唯慈法師等。 - 民國50年（1961）
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3月成立「福嚴學舍」
「福嚴學舍」是當時臺灣唯一的男眾僧教育機構。課程內容強調解行兼顧、事理並重。民國53年（1964）1月舉行畢業典禮，有十八名畢、結業生，如如虛、超定、仁同等法師。
- 民國58年（1969）
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成立「福嚴佛學院」
「福嚴佛學院」成立之初，是以印順法師為導師，演培法師任院長，印海法師任副院長兼教務主任，訓導主任則由常覺法師擔任。 - 民國61年（1972）
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美國佛教會借福嚴精舍成立「譯經院」
民國61至66年秋，沈家禎主持的美國佛教會借福嚴精舍成立「譯經院」，興辦漢文佛經英譯事業；直到經院北遷，佛學院得以續辦。 - 民國67年（1978）
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「福嚴佛學院」恢復辦學
福嚴佛學院恢復辦學，以招收女眾為主，其間培育出甚多優秀女眾法師。 - 民國82年（1993）
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9月
至今「福嚴佛學院」恢復為純男眾佛學院
值福嚴精舍開山四十周年之際，福嚴佛學院從第七屆起恢復為純男眾佛學院，以解行並重，德學兼顧為宗旨。
辛勤的耕耘，必獲甜美的果實。
如今在海內外各地弘法利生的法師，有許多是出自福嚴。
導師當初建立福嚴所播撒下來的菩提種子，已然陸續在各處開花結果。
本院院長係採選賢制，依例由「福慧僧團」（印順導師創建的「福嚴精舍」和「慧日講堂」合稱）成員推舉人選。
- 第一屆：演培法師（58學年度～60學年度）。
- 第二屆：真華法師（67學年度～69學年度）。
- 第三屆：真華法師（70學年度～72學年度）。
- 第四屆：真華法師（73學年度～75學年度）。
- 第五屆：真華法師（76學年度～78學年度）。
- 第六屆：真華法師（79學年度～81學年度）。
- 第七屆：真華法師（82學年度～84學年度）。
- 第八屆：大航法師（85學年度～87學年度）。
- 第九屆：厚觀法師（88學年度～90學年度）。
- 第十屆：厚觀法師（91學年度～94學年度）。
- 第十一屆：淨照法師（95學年度～98學年度）。
- 第十二屆：厚觀法師（99學年度～102學年度）。
- 第十三屆：厚觀法師（103學年度～106學年度）。
- 第十四屆：長慈法師（107學年度～110學年度）。
- 第十五屆：長慈法師（111學年度～114學年度）。
一、教育方針
印順導師在〈論僧才之培養〉一文中說：「身為宗教師的出家眾要想真正能夠攝受廣大信眾，給予佛教的真利益，除佛教知識外，必須要有高尚的德行、和精勤的修持。」因此，本院辦學的教育方針在於：
- 1、教導佛法的正知正見。
- 2、陶冶高尚的宗教情操。
- 3、指導如法的修學方法。
- 4、力行和合的僧團生活。
二、學 制
90學年度（民國91年，2002）以前設有初級部、高級部、研究部，其教育目標分別如下：
1、初級部（三年）
課程設計兼顧戒、定、慧三學及中國佛教史、印度佛教史等，以確立佛法之正知正見，陶練學眾之健全人格；並藉由念佛禪修、半月布薩等以調柔學眾之心性；另開設英文、日文文法，及英文、日文佛學著作導讀，提供學生選修，以奠定下一進階修學的基礎。
2、高級部（三年）
開設《俱舍論》、《清淨道論》、《中論》、《大智度論》、《攝大乘論》、《大乘起信論》……等研討課程，期望學生能養成獨立解讀經論之能力，並著重於分析、論辯能力之提昇。另有梵語、巴利語、藏語等選修課程。此外，任事能力之訓練，宗教情操之培養等，亦是教育重點所在。
3、研究部（三年）
承前初級部與高級部六年的修學基礎，進一步加強教理、教史之深度與廣度，及治學精神、研究方法、語言能力、弘化技巧等訓練，期能養成未來僧教育之師資人才，以及視野深廣、解行兼備之僧才。
民國91年（2002）起，由原來的「初級部、高級部、研究部各三年」，改制為「大學部四年、研究所三年」。
民國104年（2015）起，由原來的「大學部四年、研究所三年」，改制為「四年制大學部、二年制短期大學、研究所三年」。
前院長真華法師秉持印順導師僧教理念，訂立〈福嚴院訓〉四句，成為學院師生的修學指南。
承順福嚴風格 少欲知足 安貧樂道
發揚福嚴精神 明辨邪正 維護佛教
保持福嚴榮譽 真修實學 不唱高調
達成福嚴使命 自利利他 上求下化
詞：真華長老
福嚴，福嚴，在新竹市之南，在青草湖之畔，
在一片深林裏，有精舍名福嚴。
福嚴，福嚴，面對汪洋大海，背靠綿亙高山，
多少法門龍象，出生皆在福嚴。
你是法身培養的聖地，你是慧命茁長的搖籃，
你是黑夜裡的明燈，你是苦海中的舟船。
我們有幸修學在福嚴，自自在在法樂無有邊；
我們有幸修學在福嚴，自自在在法樂無有邊。
詞：真華長老
福嚴，福嚴，
在新竹市之南，在青草湖之畔，
在一片深林裏，有精舍名福嚴。
福嚴，福嚴，
面對汪洋大海，背靠綿亙高山，
多少法門龍象，出生皆在福嚴。
你是法身培養的聖地，
你是慧命茁長的搖籃，
你是黑夜裡的明燈，
你是苦海中的舟船。
我們有幸修學在福嚴，
自自在在法樂無有邊；
我們有幸修學在福嚴，
自自在在法樂無有邊。